Geneious10破解版是一款生物信息软件,可以帮助大家进行序列比对、序列查看、PCR引物设计,蛋白质结构查看、互联网协作等多种功能,提高大家的工作效率,同时Geneious的功能都非常的实用和全面,需要的朋友一定会爱上这款软件的。
1、先在迷你下载解压文件,单击“Geneious_win64_9_1_2_with_jre.exe”安装图标,根据屏幕提示逐步进行安装。在安装过程中,会有以下提示界面:按步骤操作“下一步”就可以了,安装过程如下图所示:
2、系统显示安装协议,如图所示,请仔细阅读该协议。选择“我同意该许可协议的条款”后按“下一步”。
3、系统默认安装目录为C:\Program Files\Geneious。用户按“浏览”可以选择其他安装目录。确定安装目录后,按“安装”。
4、确认安装将在开始菜单中创建名为”Geneious”的菜单项,本系统运行的快捷方式存储在该菜单中,选择好后点击『下一步』:
5、选择附加任务允许帮助用户在固定的位置建立快捷方式,方便使用,在需要建立快捷方式的选项前打勾,然后点击『下一步』:
6、在安装过程中,安装程序将以进度条的方式显示安装过程,用户点击『取消』按钮可取消整个安装过程:
7、点击“安装”按钮后,系统将创建安装目录,并将系统安装在该目录中。图为系统安装完成界面。
1、打开geneious
2、初始界面如下图:
3、Alignment可用于比对,tree建树,assembly拼接。 序列拼接
右键点击local,创建新文件夹,测序公司提供*.abi格式文档,可直接拖动,或者file-import。 导入完成后结果如图
4、为了准确可再次导入一个参考序列。
5、选择需要拼接的序列和参考序列进行assembly,(示例:DTH8和DTH8-13F/R),弹出窗口
6、参考序列为DTH8(自动识别),选择不要剪切----ok。拼接完成图
7、按住ctrl,向上滚动鼠标即可放大,与参考序列一致颜色不变
8、与参考序列不一致颜色蓝色
9、此时选择上面的峰,第一个不一致处,多出一个G,点击allow editing,光标变为绿色,将其放在consensus上,删除“-”
10、下面一行的G则被删除,序列校正过后再点击allow editing,如图
11、下一处不同竖着看--A--A---,选择A,不需要修改。
整个序列校正完毕后,点击save
若需要导出序列选择consensus,全选该序列,点击file-export-selected documents
分类
NCBI分类学数据库包含了所有人的名字的有机体,在NCBI基因数据库表示至少有一个核苷酸或蛋白质序列。
结构
分子模型数据库(MMDB)包含3D分子结构,包括蛋白质和核酸。内存数据库包含超过28000种结构。
SNP
遗传学研究的一个关键方面是将序列变异与遗传表型联系起来。最常见的变异是单核苷酸多态性(SNP),大约每100到300个碱基发生一次。由于单核苷酸多态性有望促进大规模的关联遗传学研究,最近人们对SNP的发现和检测产生了浓厚兴趣。
PubMed
PubMed是美国国家医学图书馆的一项服务,它包含了超过1600万篇从MEDLINE和其他生命科学期刊上检索到的生物医学文章的文章。
蛋白
此服务允许您搜索蛋白质序列。在Entrez检索系统的蛋白质条目已经从各种来源,包括SwissProt,PIR,PRF,PDB编译,并注明编码区序列及参考译文。
popset
PopSet是一个组的DNA序列,已收集到分析一个种群的进化关系。种群可能起源于同一物种的不同成员,或来自不同物种的生物体。他们提交到GenBank的亮片,往往作为一个序列比对
序列
在序列视图的右边是一组选项,允许您更改序列的表示方式。从样本文件/蛋白质文件夹中选择受体激酶序列。这个序列的长度是543个残基,所以不可能在一个文本屏幕上显示所有的氨基酸和注释。因此,该序列呈现“放大”,以显示序列及其注释的概述。注释可以显示和隐藏使用 注释选项。
尝试拖动选择(单击,然后拖动)序列的一个区域来选择序列的一部分。也可以尝试单击注释(在序列下面的有色轨道)来选择注释所覆盖的区域。
Geneious将自动检测格式(在这种情况下,FASTA)问你是否要存储的序列在一个表或让他们分开。点击保存序列分开这次。文件中的文档将出现在新文件夹中并被选中,显示文档表面板中的文档和文档查看器面板中的数据。
核苷酸
此服务允许您搜索核苷酸序列。Entrez核苷酸数据库从几个来源,包括GenBank,RefSeq序列的集合,和PDB。
Geneious 10的特色
通过复制和粘贴,可以将文档从外部数据库复制到本地文件夹。复制和粘贴可从编辑菜单中获得。还可以将文档直接从文档表拖到所需文件夹。
文件夹:对齐
此文件夹是本地文档服务的一部分。这项服务是用于文件永久本地存储你: • 下载从外部数据库,如NCBI或联系人的共享文件夹 • 创建,如调整或建立一个树从现有的文件 • 进口通过文件->导入
顺序查看帮助
序列视图是一种高度可定制的蛋白质和核苷酸序列、序列比对、循环序列和系统发育树的查看器。
缩放
序列视图允许您放大查看单个残基或缩小以查看整个序列及其所有注释。控制变焦的按钮位于顺序视图右边的选项面板的顶部。您也可以按住Alt或Ctrl,并将鼠标滚轮向上/向下放大/缩小或ALT点击放大或Alt Shift点击缩小。
下载帮助
所选文档仅为完整文档的摘要。在进行进一步分析之前,您应该单击“下载”下载完整文档。下载完成后,完整文档将取代摘要。
选择和编辑
序列查看器中的选择和编辑非常类似于标准文本编辑和文字处理程序。单击并拖动以选择区域。您可以在一个对齐的上下移动来选择和编辑多个序列。单击“允许编辑”按钮进入编辑模式,并允许您通过在键盘上键入它们来修改残留物和空白。
现在可以使用“连接到数据库”按钮,并输入详细信息以开始使用数据库。如果你的数据库尚未建立,Geneious将询问您是否要建立数据库。为了使其成功,您必须在数据库上创建权限。
现在已经为您自己设置了数据库。但是,如果您希望其他用户使用它,您将需要为每个应该访问数据库的人设置数据库用户帐户。每个用户必须在所有表上选择、更新、插入和删除权限。
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