通过无底深渊,三人来到南绍城,在南绍大殿上,赵灵儿在大厅与巫王见面,此时拜月教主出现,并使两手下与三位主角开战。战胜两手下后,趁众人不镇,巫王手变成尖刀,插入赵灵儿后背,赵灵儿受重伤。巫王变成树精,众人才知道此巫王由树精变成,真正的巫王已经被拜月教主所杀。气愤的李逍遥和阿奴消灭了树精。阿奴紧跟着给赵灵儿急救,李逍遥冲出大厅,找拜月教主报仇,一会儿阿奴也赶到。赵灵儿奇迹般复活过来出现在两主角间。三人齐心协力打败了拜月教主。拜月教主不甘失败,跳入的水池。众人以为已经胜利时,忽然听见水底水魔兽的声音,因此决定下水把水魔兽消灭。 来到水底,遇见了水魔兽,惊奇的发现拜月教主啖食了水魔兽,并与水魔兽结合为一体。三人再次与拜月教主交战。经过艰辛的斗争,终于再次战胜拜月教主。赵灵儿在战斗中不镇使背后的伤口裂开,血液流到水中,竟被临终的拜月教主吸取(赵灵儿流有女娲血统)而得到不死身。拜月教主准备再次对付三人,赵灵儿急忙使用风咒送李逍遥和阿奴上地面。可怕的拜月教主冲塌了地面,掀起了洪水淹没了南绍城。阿奴不镇被卷入水中,李逍遥匆忙潜入水中营救阿奴。赵灵儿使用全身灵力,决定完成娘亲未完成的事情,以自己的身体自身爆破封印拜月教主。战斗结束。夕阳,李逍遥和阿奴站在屋顶,只看见赵灵儿的天蛇杖回到地面,却不见赵灵儿的身影。李逍遥也要离开阿奴踏上回归的路。依依不舍的阿奴在山头吹起送别的笛声。回归的路上,李逍遥遇见了复活的林月如(这就是圣姑要你找36条傀儡虫的作用了),正抱着忆如,等待着李逍遥……职员表完了之后,又回到了盛鱼村,玩家操纵王小虎。王小虎来到市集的木匠店,一名蛮不讲理的客人要求换椅子,学徒小贵子请求小虎请正在修篱笆的师父回店。小虎来到十里坡下的篱笆前,把事情告诉夫木匠师傅,木匠师傅便匆匆离去。王小虎来到十里坡顶,看见李逍遥正要跳到对面的山崖,秀兰在一旁劝住。李逍遥一下子跳了过去……十四年后,王小虎已长成身强力壮的青年了,在两个山崖中搭了一个桥,又是个风卷云残,预告仙剑2代剧情……