到达大理,此时大理正泛旱灾。{麒麟洞门口的一户人家,一男子向主角兜售仙剑,并要求主角用身上全部的钱购买。但购买后,男子马上开溜,两主角才发现上当受骗了。}阿奴和李逍遥试图进入麒麟洞,可惜被两个守卫拒绝。于是阿奴又到大理的东北边找到娘亲(南蛮王,族长){遇见一红衣裳村民,发现他为黑苗族间谍,并将他消灭},又因为他们开会而赶了阿奴出来。但从会场下来发现一看守麒麟洞的守卫抓到一黑苗士兵,准备前去报告。阿奴灵机一动,带李逍遥再次来到麒麟洞,命令剩下的守卫去找走开的守卫,于是骗走了守卫,进入麒麟洞。麒麟洞中找到火麒麟,并与之战斗。火麒麟最终化做人型,了解主角来的目的后送出了自己的麒麟角,并告诉两人到女娲神殿一趟。两人按麒麟老人意思来到女娲神殿,李逍遥在跪拜女娲象时,忽然发现女娲象很象赵灵儿,于是走上石象前,还被吸了进去。李逍遥随后见了赵灵儿娘亲巫后,巫后要李逍遥回去十年前做一件他应该做的事。 于是李逍遥回到十年前黑苗族地方,遇见了十年前的赵灵儿和她的姥姥正被黑苗人围困。李逍遥上前杀退了敌人,使赵灵儿和姥姥顺利乘凤凰离开。李逍遥为了掩饰身份,换上黑苗人的衣服,乘黑苗人的船来到南绍此时南绍正泛洪水。李逍遥来到南绍宫殿,发现拜月教主准备号召各黑苗士兵消灭巫后以消水患。李逍遥进入宫殿,从殿内右上角入口进入底下监狱,找到巫后,并劝服了巫后逃生。巫后拜托李逍遥帮她找她的天蛇杖。于是李逍遥上回地面,从宫殿的左上角入口进入地下,把巫后告诉李逍遥的暗号传达给看守入口的石长老,于是石长老让你进去取天蛇杖。李逍遥拿到天蛇杖回到监狱并交给了巫后,两人正要离开,拜月教主和巫王带领士兵来到阻挠。拜月教主使用法术逼巫后变成蛇形,李逍遥正想阻挠敌人,被巫后拉着一同跳入水中。不料拜月教主在水底养了水魔兽,并且在水中会有不灭之身。两人只好一直逃走,最后走投无路。巫后使用风咒把李逍遥送上水面,自己和水魔兽同归于尽。李逍遥回到地面,却又遇见追赶而来的拜月教主。正巧石长老也来到,拜月教主命令石长老对付李逍遥,但却被李逍遥击败。石长老不甘失败,准备使用绝招赤血毒焰,此时凤凰飞来,抓伤了石长老的左眼并带走了李逍遥。凤凰把李逍遥带到了曾经出现在李逍遥梦中的罗刹洞。李逍遥通过了洞内迷宫并找到罗刹鬼婆将她真正消灭。此时林月如忽然出现,并和李逍遥开战,使李逍遥很困惑。幸好书中仙出来提醒李逍遥这是幻觉与现实的较量,必须相信自己的判断。于是李逍遥克服了心魔,消灭了冒牌的林月如。此时凤凰再次出现,把李逍遥带到了十年前余杭的山神庙。李逍遥看见了十年前的自己并告诉他山神庙内有一受伤女子(赵灵儿的姥姥)请求帮忙。李逍遥进去庙内,女子请求李逍遥拿着凤纹手绢找灵月公主前来帮忙。李逍遥来到余杭码头,向一商船船主出示凤纹手绢,商人还原为灵月公主,回去帮助山神庙内的女子。灵月公主和赵灵儿姥姥等人正准备告别李逍遥,李逍遥上前询问如何结束一场梦,得知只要完成要做的事情就能回到现实。灵月公主离去,此时李逍遥的婶婶前来寻找小李逍遥。
李逍遥回到山神庙附近,遇见正在帮婶婶寻找小李逍遥的香兰,随后李逍遥从山神庙往下走来到自己过去最喜欢去的地方,并发现一个盒子内装有水灵珠,此时小李逍遥忽然出现,并收起了盒子。李逍遥提出用木剑交换盒子内的水灵珠,小李逍遥同意,于是李逍遥得到了水灵珠。但还是没有回到现实。来到码头,遇见以为正急于聘请船工的商人,李逍遥闲着没事做,于是上船帮忙,随船来到苏州。在苏州城门口忽然发现十年前的林天南和林月如,此时四周朦胧,李逍遥回到了现实。李逍遥回到大理的女娲神店,此时凤凰蛋已经孵出了凤凰,得到了凤凰蛋壳。李逍遥和阿奴回到圣姑家,不久李逍遥和赵灵儿的女儿李忆如出世。圣姑拜托李逍遥从屋后去试炼洞帮忙寻找36个傀儡蛊。李逍遥独自出发,却在路上遇见了正在训练毒兽的盖罗娇。盖罗娇以为李逍遥前来偷看机密,于是和李逍遥交战起来。此时阿奴赶到,并向盖罗娇解析清楚,两人才解除误会。阿奴和李逍遥进入试炼洞{试炼洞内遇到一太小的洞,主角无法进入,于是阿奴放出自己饲养食蛊鸟进入洞中食蛊。食蛊鸟出洞后会产下很多蛊卵}{试炼洞底下每层都有一座女娲遗迹,每座遗迹中可以找到呼唤神仙的咒文,一共有五个地点,可以学到五种咒文},收集足够傀儡蛊后回到圣姑家交给圣姑。不久赵灵儿康复,加入主角队伍,开始起程到大理的女娲神殿。来到大理,发现黑苗人前来偷袭,一路杀敌,主角们来到女娲神殿。赵灵儿跪拜娘亲的石象,女娲象显灵,并把圣灵珠、圣灵披堸和天蛇杖传授给赵灵儿。三人下一层阶梯,由神殿东北面走去来到祭雨坛。赵灵儿把圣灵珠安放在坛边的石碑上,坛的四周立即出现四个台座。把水、土、风、雷、火灵珠按照:火雷水风土顺序摆放在台座上,五灵珠显灵,赵灵儿念起了祈雨咒文,随即大雨降临,大理干旱大地回复生机,黑苗人以为女娲显灵,统统慌忙逃跑。白苗人民马上召开庆祝大典,不料黑苗派来的地魔兽从地面冒出,三为主角前去消灭之,决定继续前进彻底消灭拜月教。从地魔兽出现底苗神殿往南绍城地下迷宫。