故事背景:清朝顺治二年，（公元1645年）明唐王朱聿建（明太祖九世孙）入闽，在礼部尚书黄道固、福建巡抚张肯堂、南安伯郑芝龙等拥立下，于福州即帝位，建立反清政权，建号"隆武"。然而不久就被清政府瓦解。据说在城破之前，明唐王朱聿建将数十万两的黄金秘密藏在福建的武夷山中。。。。。。至乾隆十年（公元1745年），各地反清复明的声浪不断高涨，尤以福建的南少林、广东的天地会为首，他们联合江湖武林同道，准备掀起一场更大的暴风雨，给满清王朝予以毁灭性的打击。那有关明唐王朱聿建的黄金秘密的消息也开始在江湖流传着。。。
与此同时，清政府也尽遣满清高手悄悄南下，一股血腥杀气首先在南方的武林中蔓延。。。。
故事年代:清朝乾隆十年（1745年）。
游戏开始：清朝乾隆十年，风云突变，在广州城经商多年的方德为免全家卷入这场风暴中而应好友严湛之邀举家迁往杭州。。。。。。
方世玉一家搬到杭州城不久，就发生了官府大牢被人劫狱之事，方德怕世玉出去惹是生非，叫管家方忠看住他，不让世玉出门。交代完以后就去张罗新开张的兴隆商铺去了，他哪里想到方忠早已经被世玉收买了，原来方忠嗜酒如命，只要有酒他都好说。。。可是这次却不同了，方忠死活不肯让世玉出门，世玉没有办法，只好提出用家里最好的一瓶葡萄酒来交易，方忠这才答应下来，不过要求世玉在正午回来。世玉就去地窖，找到葡萄酒，将酒交给方忠，终于可以出门了，可是这时书童方桐匆匆忙忙赶来说有人踢场，在兴隆商铺捣蛋，世玉听后急忙出门。
世玉赶到兴隆商铺后，见父亲方德在和一青年聊天。原来是该人将前来收保护费的地痞赶走。一见面，才知道原来眼前这位就是多年不见的小时玩伴洪熙官，两人从又相逢都十分高兴。。。两人见方德受伤，便让方桐先送方德回家休息。方德走后不久，地痞带人又来，原来来的是风雷堂手下"狂刀"笑傲天。笑傲天口出狂言，说两人能打败他，便从今以后再也不来打扰兴隆商铺。世玉和熙官联手将他打败。赶走笑傲天后，熙官告诉世玉的住处(洪家村)后就要离去，多年不见的好朋友，世玉怎么可能放过，熙官只好告诉他要去帮好友胡惠乾一个忙，原来胡惠乾爹是染布坊的主人，因风雷堂看上此染布坊，欲霸占，胡惠乾爹不允，地契便被抢，人也被风雷堂手下打伤。今日胡惠乾邀洪熙官一起去风雷堂论理。世玉听说此事，便也要一起去，熙官没有办法只好答应，两人就一起来到胡惠乾家。
在惠乾家里，熙官介绍胡惠乾和世玉认识，三人就往风雷堂赶去，在门外将看门的两个手下打翻便传了进去，找到风雷堂堂主雷老虎之子雷人王评理，和雷人王话不投机，双方正要动手，一少女出来喝住双方，原来她是雷人王之妹，雷人王见妹妹出面便只好作罢，不满离去。雷碧婷向三人抱歉，并将地契交给胡。三个好友见地契拿到了也就算了，就离开了风雷堂。在风雷堂门口三人聊了一会，店里伙计李大头跑来说方忠来找，叫世玉火速赶回家。世玉便和俩人告辞先回去看父亲。
世玉回到家中见父受伤，方忠告知需要跌打丸，要世玉上街找药店买药去。
世玉到了仁慈堂，却遇见母亲苗翠花也在买药，世玉以为母亲已经知道父亲受伤的事了，没有想到苗翠花根本就不知道此事，世玉就告诉她说父亲受伤了，苗翠花将一颗跌打丸交给世玉让他先回家，说自己急事办完后就回去。说完就离开了。。。世玉觉得奇怪，便偷偷跟著苗翠花想看她到底是去什么地方？
渐渐的出了城，世玉看到苗翠花进入到路旁的一间土地庙里，便跟了进去，进入后却发现里面空无一人。。。走到供台边隐隐约约听到母亲在和一男子的对话，说的都是一些陈年往事。但却知道原来便是母亲从大牢里将这个人救了出来。世玉怕呆久了被发现，同时想到受伤的老爹便离开了土地庙回家去了。
世玉回到家中将跌打丸交给方忠，方忠告诉世玉，说外公苗显来了，在后院里，世玉便来到后花园见到外公，苗显告诉世玉武当、峨嵋两派被朝廷利用，欲去少林寺兴师问罪，他要赶去，但有一个锦盒需要世玉转交给母亲，并再三叮嘱一定要藏好，不可落到别人手上。
临走时又交代若他无法赶回叫世玉务必在八月十五那天到蒲田镇去找一个叫"瞎子张"的人。
苗显走后，世玉正要去找娘，丫头方妮叫住说父亲方德找，世玉急忙过去，原来是方德的好友严善人到来和方德商议世玉和他女儿的婚期。原来严善人有一女，被风雷堂雷老虎公子雷人王看上，严善人不欲将女儿送进虎口，便想到好友方德。。。世玉对这门亲事不满，想去找洪熙官，刚想离开。。。这时，严家丫头小兰跑来，说风雷堂的人到家闹事找小姐麻烦，方德只好叫世玉去一趟。问明地点后，世玉朝严家走去。
世玉打败守在门口的两个小爪牙，进去。。。
见雷人王在威逼一姑娘，而姑娘也好无惧色，世玉料想那姑娘便是严善人的女儿严咏春就跳出解围，自称是姑娘的未婚夫，雷人王见又是他来坏事，大怒，世玉和雷人王战斗。。。雷人王被打败忿忿不平离去，咏春对世玉却不领情反说多管闲事，怪他自称是她的未婚夫，要世玉向她道歉，世玉只好将情况告诉咏春，咏春听后伤心不己，要世玉不要娶她，因为她已经有了心上人了。。。这时方德和严善人赶到，世玉急忙跑掉。
世玉想到外公交代的事便回家看娘回来了没有，结果没有，世玉想会不会还在那土地庙，便往土地庙走去。到了土地庙时，听到里面有打斗声，便进入，见几人正围著一大汉撕杀、大汉渐渐不支，世玉忍不住，刚要冲了上去，这时候又进来一个蒙面女，两人齐心救下大汉后，蒙面女就离开了，那个大汉认出世玉的招式，两人交谈世玉知道这个大汉叫陈浩南，是苗翠花师兄，他现在的身份是天地会杭州分舵主。世玉见这个地方已经暴露，便想到洪家村的熙官。。。
世玉背起受伤的浩南，来到洪家村，找到洪熙官家。想不到浩南和熙官也是认识的。
浩南告诉他们天地会出了叛徒，现在广东总舵及广西分舵被毁，要他们去兰桂枋旁边的太白酒店的密室将一重要物品(名册)拿出交给灵隐寺住持缘因大师。世玉和熙官将浩南藏到地窖中，俩人便往太白酒店赶去。
走到城门口，世玉想到还没有将锦盒交给娘，便叫熙官一起先到家中。
到了世玉家门口，见方德和严善人进入，熙官见严善人也在世玉家便不肯进了，说在外面等。。。世玉不解但也无奈，只好自己进去，找到母亲苗翠花，将外公苗显给他的锦盒交给母亲，苗翠花便知道是怎么一回事了，告诉世玉她要去福州城找天地会总舵主陈家骆。世玉显然对锦盒里的东西十分好奇，但苗翠花就是不告诉他，世玉只好抖出他已经知道母亲劫狱的事，并扬言要告诉父亲。苗翠花无奈只好告诉世玉，原来这个锦盒里的东西可以证明当今皇帝乾隆是汉人的证据，并叮嘱世玉他们小心照顾浩南。正要离去。
这时方德进入告诉他们要和严善人去京城进货，叫他们呆在家中别乱跑。。。
等爹和娘都走了，世玉便溜出门，找到在外面等候多时的熙官，熙官问世玉严善人怎么会在他家，世玉便将严善人欲将严咏春许配给他的事告诉他，见熙官脸色不对，也没有多问。就一起到太白酒店了。
世玉和熙官两人来到太白酒店后，发现门口有很多官兵把守，无法进去。熙官想到太白酒店以前和染布坊曾为一体，也许胡惠乾会了解一些情况，便带世玉一起去胡惠乾家。
两人到胡惠乾家，将情况告诉惠乾，问惠乾有没有办法进入染布坊？惠乾很奇怪，细问之下才知道原来两人是受人所托要去拿东西的。于是，惠乾告诉两人，有一条密道可以通往太白酒店，但是密道的出入口只有惠乾的老爹才知道。于是，三人便一起来到了惠乾老爹的染布坊。
当三人来到染布坊的时候，刚好碰见风雷堂的"霸枪" 陆之逊带领着他的抓牙正在染布坊里面威逼惠乾的老爹将染布坊让出来开烟馆，于是，三人合力将陆之逊打跑。
打跑陆之逊以后，惠乾问胡老爹关于密道的事情，胡老爹告诉他们后院的水井就是通往太白酒店的密道，并且告诉他们这个密道只能够进入却无法原路出来，要出来必须要经过太白酒店里面。交待完以后，
胡老爹便回家去了。三人来到了水井边上，进入密道。
在密道里面，三人找到了花名册，并且从另外一个出口来到了太白酒店后院的水井口。
三人刚刚从水井口出来，就碰上了几个官兵，一阵搏斗，将几个官兵打趴下，三人冲进太白酒店大厅，又碰上了纳兰戍，纳兰戍一看见方世玉他们，立刻带领官兵扑上来，一阵噼哩啪啦，纳兰戍被打趴下了，三人趁着没有其他的官兵，离开了太白酒店。
三人离开太白酒店以后，决定先带着花名册到灵隐寺去找缘因大师，在灵隐寺内，三人碰见了严咏春，严咏春责怪熙官一直在躲避，同时要求熙官向咏春的爹提亲，但是熙官却因为咏春和世玉的事情而告知咏春自己配不上咏春而拒绝去提亲，咏春非常生气，当即含恨离开灵隐寺。这个时候方世玉才明白熙官和咏春之间的事情并且向熙官说明一切，熙官这才发现自己错了，在世玉和惠乾的劝说下，立刻去追赶咏春。世玉和惠乾继续去找缘因大师，两人来到了灵隐寺的方丈室。
两人进入方丈室内，找到了缘因大师，方世玉欲将花名册交给缘因大师的时候，惠乾忽然出手阻挠，原来惠乾见过缘因大师，现在的这个缘因大师是假扮的。假缘因大师见自己的身份被拆穿后，立刻将三个徒弟叫进来，原来，这个假缘因大师是朝廷密探梁耀麟所装扮的。一场混战立刻展开。很快，梁耀麟和他的三个徒弟都被打败，方世玉和胡惠乾借机离开灵隐寺。
在灵隐寺门口，两人遇到熙官，世玉将情况告知熙官，熙官也告诉世玉他们自己没有追上咏春并且一直担心咏春不肯原谅自己，方世玉和胡惠乾的一阵安慰，才使熙官的心情稍微恢复平静。三人决定先回熙官家，将事情告诉陈浩南。
到了熙官家的地窖里，方世玉将事情的经过告诉陈浩南，陈浩南深感事情的严重，于是便拜托他们三人到苏州的震威镖局将花名册交给镖局的总镖头赵猛，并交给世玉一个戒指当信物。三人正要出了洪家村，世玉想到将陈浩南一人留下不妥，便安排熙官和惠乾留下照看，接着自己一人便离开杭州，前往苏州。
走到途中，方世玉遇到先前在土地庙内有一面之缘的蒙面女子正在和一群人争吵，仔细一听才知道，原来这群人意图强抢民女卖到妓院，而这群人正是风雷堂的人，领头的就是风雷堂的铁骄岚，方世玉怒火中烧，当即和蒙面女子一起将这群人渣一起打跑，救下了被强抢的民女并且知道还有很多的民女被抓走，现在还下落不明。送走众位民女之后，方世玉问及蒙面女子的芳名，蒙面女子不想告诉世玉，世玉对于蒙面女子无法告诉真名而无奈，准备离开，却发现和蒙面女子的方向相同，一问才知道原来蒙面女子要去苏州救其他女子的，于是，两人结伴而行，双方也相互谅解。
两人来到苏州城，正准备分手，蒙面女子忽然提出要世玉帮助她一起去青龙帮搭救其他的女子，方世玉有要事在身，但是依然答应了蒙面女子的请求并约好在青龙帮的门口会面。双方约定以后，方世玉就朝着震威镖局前进了。
方世玉来到震威镖局门口，看见震威镖局门口戒备森严，赵猛的女徒弟柳含春正守在门口，方世玉欲进入镖局，却受到柳含春的阻挠，双方产生口角，正要动手的时候赵猛出现，于是，方世玉讲明来意并且出示了信物戒指，便被请入镖局内。
在镖局内，赵猛得知方世玉的身份和浩南的情况后，便觉得放心许多。这时候方世玉将花名册交给赵猛，并告诉赵猛天地会出现叛徒。赵猛便将花名册交给柳含春并要柳含春到乡下躲避，柳含春立刻带着花名册离开镖局。
方世玉正要离开镖局，见镖局戒备森严，但是赵猛却守口如瓶，不告诉世玉所发生的事情。这时候，青龙帮的彭岷和雷人王忽然闯入，欲要向赵猛索要镖物，方世玉才知道原来风雷堂和青龙帮联手，以价值极高的宝物向镖局投镖的同时暗中劫镖，以此想将镖局占为己有。赵猛答应雷人王他们在一定时间内将镖物返还。这时，有一个镖师进来告诉赵猛说日本人找到了，于是赵猛便要前去收拾日本人，方世玉要帮忙，却被赵猛谢绝，方世玉无奈，只好先离开镖局，这时也想起和蒙面女的约定便向青龙帮出发。
在青龙帮附近，方世玉遇到蒙面女子，双方于是一路打到大堂，打败了左右护法以后，却没有看见人，两人于是退回大堂外面，抓到了一个帮里面的打手，追问之下才知道原来姑娘都被藏在小南山上的一个石洞里面了，这时候蒙面女子才想起来小南山上确实有一个石洞是青龙帮的秘密据点，而方世玉却开始对蒙面女子的身份了有了兴趣：她为什么要蒙面？她是谁？为什么会知道那么多事。。。但蒙面女子还是不肯告知。于是，两人继续向石洞前进。
两人打败石洞门口的守卫，冲进石洞，发现青龙帮帮主彭矜宗和那些姑娘正在洞内，两人合力打败彭矜宗，将姑娘们放回家，这时候，蒙面女子好像状态不佳，但是方世玉却没有察觉到，两人于是下山。
两人来到山下，遇见了先前被救的两个姑娘大姑和小燕，两个姑娘告知她们就住在小南山脚下的杏花村，就在这个时候，蒙面女子忽然毒发，方世玉只好将蒙面女子安放在两个姑娘的家里。
蒙面女子的伤势严重，两个姑娘告知方世玉小南山上有一个柯神医，医术高超，就是性情古怪，让方世玉去看看，或许还有救，于是，方世玉向小南山上神医府去了。
方世玉到神医府，遇到管家苗尾，苗尾告诉方世玉说神医在睡觉不得打搅，但见世玉是外地人，便向他提了个条件：如果要见柯神医，就要先帮助他送一封信给杏花村的阿凤姑娘，并带回回信。原来这个管家暗恋上阿凤姑娘了，又担心被别人知道笑话。。。救人心切的方世玉这时候想都不想就答应下来，赶紧再回杏花村吧。
方世玉回到杏花村，将情况告诉大姑和小燕，看她们有没有办法。。。小燕很快就将阿凤找来，原来这个阿凤姑娘也是被世玉和蒙面女救出的，恩人受伤，三女自然是竭尽全力，很快写了回信，然后交给世玉。世玉再次来到神医府上，将回信交给了管家，管家看完回信以后非常高兴，便将方世玉带到柯神医面前。
方世玉见到柯神医，将事情告诉了柯神医，没有料到，柯神医的怪癖就是不替女人治病，方世玉苦苦哀求也没有用，柯神医将他打发出门，苗管家为方世玉的真情所打动，便告诉方世玉柯神医有收集天下宝刀宝剑的癖好，他现在看中了赵猛的宋代的七星宝刀，如果有的话，就可以替蒙面女子治病了。于是，方世玉立刻下山找赵猛要宝刀。
方世玉来到镖局，得知赵猛带领众镖师去码头找日本人算帐去了，便立刻赶往码头。
在码头，方世玉看见赵猛被日本人打败，连忙上前解围，并且打败了日本人的领头柳生残，柳生残挺不服气的。这时候，一个自称叫千百惠的姑娘出现说很欣赏世玉，欲和世玉交朋友，被方世玉拒绝，千百惠只能恨恨离开。
赵猛很感谢方世玉的解围，当得知方世玉要宝刀救人以后，慷慨的将宝刀送给了方世玉，方世玉道谢以后立刻回到小南山柯神医府上，见到柯神医，将宝刀送给了柯神医，爱刀心切的柯神医当即答应帮助方世玉救治蒙面女子，并让方世玉去找四大毒草，方世玉离开柯神医府上，开始寻找毒草。
方世玉在小南山洞穴里面找到了其中的两样，还有两样要到药店里面去购买，于是，方世玉便来到了苏州药店，却发现另外的两种药都被千百惠买走了，而且千百惠还专门在这里等买药的人出现。更让世玉吃惊的事还是千百惠告诉他青龙帮彭帮主只是他的一个手下而已。。。这个女人到底是什么来头？想干什么？似乎还有什么更大的阴谋。。。千百惠要世玉加入她的组织，彭帮主就的事作罢。世玉当然不肯，千百惠便约世玉在小南山脚下比武，世玉要赢她，她就将药都给世玉；要是世玉输，就必须要服从她，世玉接受这个挑战。结果千百惠被打败，但她要世玉答应帮她做一件事才肯将药给他，世玉为救蒙面女，被迫答应。方世玉得到两样毒草以后，便立刻回到神医府。
在柯神医那里，方世玉得到了柯神医配的解毒药以后，立刻回到杏花村，将解毒药给蒙面女子服下，蒙面女子终于被救活过来，而且对方世玉渐渐产生了感情。当蒙面女子揭开面纱出现在方世玉面前，方世玉才知道，原来蒙面女子就是雷人王的妹妹雷碧婷！雷碧婷和雷人王完全不同，因为她有一颗善良的心。
雷碧婷的伤势已经好转，两人回到杭州，分手的时候，俩人竟有些难分难舍了，雷碧婷赠送给方世玉一只玉哨，并且告诉方世玉以后想找她的时候可以到杭州城外的净心庵去找她，只要方世玉吹响玉哨就可以。
两人就此别过，方世玉也连忙回到熙官家里。
在熙官家里，方世玉没有没有找到陈浩南和洪熙官，疑惑之际，严咏春进来了，两人一边聊天一边等候，这个时候，忽然听见门口惠乾的声音，原来惠乾发现有人鬼鬼祟祟的在偷听，两人连忙奔出屋外，只看见一个黑衣男子正在和惠乾纠缠，严咏春发现这个黑衣男子很面熟，原来，黑衣男子乃大内三大高手之一的张节俊，外号"鹰眼"，擅长追踪术。三人不敢怠慢，立刻联手将"鹰眼"打败。打败"鹰眼"以后，三人都觉得熙官和浩南出事了，在举足无措之际，咏春忽然想起这个人曾经在灵隐寺见过，于是，三人决定到灵隐寺去看看。
三人来到灵隐寺里面，赫然发现梁耀麟正在拷问熙官，三人合力打败梁耀麟，梁耀麟立刻召集救兵，于是，大内总管叶赫图泰便带领着众高手蜂拥而进，一场恶斗，叶赫图泰等人仓皇逃窜。三人顺利的解救了洪熙官。洪熙官告诉世玉他们，陈浩南现在很安全，早已经被转移到村长洪大爷家里了，不料他们的谈话却被装死的梁耀麟听到。。。众人离开灵隐寺前往村长家。
在洪村长家里，一行人见到了浩南，方世玉将事情告诉浩南。大家看见浩南平安后，深感欣慰，于是大家商量第二天送浩南到福州城后，各自回家准备了。
第二天，众人到世玉家集合后便一起来来到了洪村长家里，发现浩南不见了，同时洪大爷倒在地上，大家预感不妙，就在这时候，风雷堂的四大金刚出现了，原来，洪大爷是他们杀的，看来浩南已经落到风雷堂了，大家义愤填膺一拥而上，消灭了四大金刚。打败了四大金刚以后，众人开始怀疑有内奸，方世玉更是怀疑惠乾有染，惠乾愤愤离去，洪熙官替惠乾开脱，方世玉觉得错怪惠乾，遂让熙官前去追赶，而自己到静心庵找碧婷想办法。
方世玉来到静心庵门口，却受到两个尼姑的刁难，双方大打出手，一场恶斗，方世玉打败了两个尼姑。这时候，李小环出现，经过交手，李小环发现方世玉是少林弟子，更知道了苗翠花是方世玉的母亲，李小环百感交集，也放过了方世玉。方世玉寻找碧婷未果，只好离开，准备去找洪熙官。
方世玉在离开的路上，竟然碰见了碧婷，碧婷要方世玉到静心庵后山的石洞等她，于是，方世玉来到后山石洞，见到碧婷，将浩南被劫的事情告诉碧婷并且请求碧婷能够想办法救人。碧婷答应了方世玉的请求，两人合计好计划以后，方世玉便离开石洞，回去找洪熙官。李小环这时候出现，她要碧婷哪里别想去。
方世玉来到熙官家里，遇见熙官和咏春，方世玉问及惠乾，才知道惠乾也被风雷堂抓走，方世玉顿感内疚，于是，方世玉要求大家到他家去商量救人的事情。
三人来到方世玉家，在大厅遇到方世玉的母亲苗翠花，苗翠花将经过告诉方世玉他们，并要求方世玉他们一块到少林去，方世玉告诉苗翠花，陈浩南被风雷堂抓走，同时也告诉翠花静心庵的事情。苗翠花深感不妥，于是决定到静心庵去打探究竟，方世玉等人只有暂时留着等消息。
一会儿，苗翠花回来了，她告诉方世玉他们峨嵋派和自己家的恩怨、少林和峨嵋的恩怨以及少林、峨嵋、武当和风雷堂的关系。苗翠花越感到事情的危险性，决定再次搬家到福州的同乡会去，同时叫人通知
相关的人，并且决定第二天和方世玉他们一起行动。大家合计完毕便各自休息去了。
第二天，一行人来到风雷堂，依照计划，方世玉和苗翠花来到风雷堂侧门，却发现侧门开着，雷碧婷不见踪影，母子俩进入侧门，发现石牢，这时候风雷堂手下出来阻挠，被母子俩打败，母子俩进入风雷堂，打败了看守，见到了浩南。苗翠花急忙上前，不料，这个浩南是假冒的，苗翠花中招倒地，原来陈浩南是青龙帮的彭岷假扮的，苗翠花中了他的迷药！而雷人王也出现在那里。方世玉救母心切，也被打晕。。。。。。
方世玉醒来的时候，发现自己正在地牢内，不觉为自己的母亲担心。就在这个时候，雷碧婷忽然进入，欲救方世玉出去，并告诉世玉苗翠花现在关在静心庵。。。方世玉认为这一切是碧婷的陷阱，非常恼火，任碧婷如何的解释，方世玉都不相信，于是，方世玉抛下碧婷，自己离开石牢。
方世玉离开石牢以后，决定先去找熙官，然后再去救母亲，于是方世玉来到土地庙，遇见了熙官，说明了情况，熙官告诉世玉还是到静心庵去看看吧。
几个人来到了静心庵，打败了几个尼姑和道士，一路闯进静心庵的大厅，遇见了李小环，方世玉向李小环索要苗翠花，李小环却说苗翠花已经被她放走，方世玉不信，双方大打出手，李小环被打伤，这时候碧婷忽然进入，告诉方世玉李小环是自己的母亲，而且先前已经是受伤在身了。同时也告诉方世玉，她已经照母亲的意思将苗翠花藏到土地庙里，这是的世玉心头是一片茫然，想说什么又不知道该怎么说。。。。。。雷碧婷告诉世玉以后也再不想见到他，然后将世玉赶出静心庵。世玉离开后，李小环告诉碧婷其实她的生父不是雷老虎而是失散了整整十八年的陈浩南，并告诉她浩南实际是被关在官府里的，她现在已经将他救出并藏在安全的地方了。
方世玉等人只好再到土地庙，果然见到了苗翠花，众人很高兴。苗翠花将整个事情的经过告诉大家后，原来浩南和惠乾实际是被关在官府里的，但都已经被李小环救出叫大家放心并将一些往事告诉大家，原来李小环曾经是浩南的妻子。。。苗翠花决定叫大家一起去福州，而这个时候方世玉却因为自己错怪碧婷而懊悔不已，方世玉决定去静心庵向碧婷陪不是，便想一个人留下，将母亲交给熙官和咏春照顾。
苗翠花等人离开后，方世玉来到静心庵，在路上碰见了去抓药的李小环和碧婷，方世玉谢过李小环以后便请求碧婷的原谅，可是碧婷却不原谅世玉，世玉百般求情，碧婷才稍有宽心。这时候，千百惠和柳生残路过，千百惠要方世玉三天后到福州城外的欧冶池去找她。碧婷心疑惑，方世玉只得将事情告诉碧婷，碧婷听完以后，觉得很感动，方世玉告知碧婷自己以后将在福州同乡会落脚，两人匆匆分手，方世玉即刻前往福州同乡会。
方世玉回到同乡会，见到母亲苗翠花，将事情的经过告诉了苗翠花，这时候，天地会的付总舵主于震海来访，他向苗翠花索讨要交给总舵主的锦盒，苗翠花这时才想起了锦盒，当时为了保险没有带在身上而是藏在家中的书房里，遂叫方世玉到杭州原来的家去拿，并承诺拿到后便送过去，于震海便先回去了。苗翠花告诉方世玉锦盒的隐藏地点，并且告诫方世玉一定要亲手将锦盒交给自己，于是，方世玉及其熙官一行人向杭州出发。
方世玉回到家里，刚好遇见雷人王和青龙帮的青龙帮的青龙帮的彭岷，双方大打出手，雷人王和青龙帮的彭岷被打败，立刻叫出黑白两道长，而雷人王则去通知伊奕大人。又是一场恶斗，黑白两道长被打败，方世玉也在书房里拿到了锦盒，一行人正要离开时候，雷人王、伊奕和拜因带领众高手赶到。伊奕根本不将方世玉等人放在眼里，便命令满族第一勇士拜因抓拿方世玉后救离开了，方世玉等人经过一番苦战打败拜因，赶紧离开杭州城。想不到在城郊，又碰到伊奕布下的陷井，关键时刻，胡惠乾赶到，惠乾告诉方世玉他们，风雷堂已经杀害了他父亲和他姑妈一家上下，众人愤慨之际，合力消灭了拜因和众高手，雷人王仓皇逃窜。胡惠乾欲追赶，以图报仇，被世玉等人阻拦，于是，几人合计先回福州。
在回福州的途中，众人见到武当三大弟子在追杀一个重伤的老尼，咏春认出那个老尼就是自己的师傅五枚师太，众人连忙上前解围，打跑了武当弟子。方世玉问及外公苗显的下落，五枚师太告诉世玉苗显可能已经落入白眉手中，还告诉世玉苗显身上系着一个很大的秘密，不过没有告诉世玉到底是什么秘密。于是，咏春和熙官送五枚师太回少林，世玉及其惠乾继续赶回福州。
回到福州同乡会，没有看见母亲苗翠花，丫环方妮告知母亲去接父亲了，于是方世玉决定先休息再说。
第二天一早，丫环方妮告诉世玉惠乾有事情离开了，但是不知道去哪里，方世玉无奈之下想起和千百惠的约定，应该去欧冶池一下，看这个姑娘玩什么把戏。于是，方世玉朝着欧冶池出发。
来到欧冶池，千白惠已经在等他，千百惠告诉方世玉之所以到这里来是要方世玉和人家比武的，方世玉觉得奇怪，于是跟着千百惠来到欧冶池外，见到了戚继光后代戚少岚。原来，千百惠看上戚继光所著的《剑经》，便故意和戚少岚打赌，如果千百惠赢了，那么戚少岚就将《剑经》送给千百惠，如果千百惠输了，那么就要将日本《柳生忍术大法》送给戚少岚。戚少岚派出了刁得胜等四个高手与方世玉过招，只要方世玉过得了十招，那么就算方世玉赢。很快的，方世玉不负众望的过了十招，替千百惠拿到了《剑经》，方世玉答应替千百惠做一件事终于是完成了，便离开欧冶池。无事可做便回同乡会吧。
方世玉回到同乡会以后，丫环方妮告诉方世玉有人在等他，方世玉进去一看，原来是天地会的两个兄弟，他们在等待苗翠花的锦盒，方世玉告诉两人锦盒已经在自己身上，两人才放心的离去。
第二天，方世玉起床就碰见昨天的两兄弟，两个兄弟是奉于震海的命令请方世玉到福州天地会里的，世玉只好去了。在天地会里，于震海要方世玉交出锦盒，方世玉不肯，于震海竟然强抢，被方世玉打败，于震海连忙改口是试探方世玉的武功而已。一番赞扬以后，方世玉便回到同乡会。
回到同乡会以后，方世玉碰见了熙官及咏春，熙官告诉世玉，已经将师太送到少林了，五枚师太中了白眉的毒掌，必须要武当的独门解药三心丸，才能救师太，而解药要去找李小环拿。于是方世玉决定去找李小环拿解药。当熙官问及惠乾，方世玉告诉熙官自己也不知道惠乾到底去哪里，熙官忽然想到惠乾可能去报仇了，众人大吃一惊，可是方世玉又不能去救人，熙官不解，方世玉便将锦盒的秘密告诉熙官，于是大家决定，由熙官和咏春去找惠乾，方世玉等苗翠花回来后就去拿解药，并约好到时在土地庙碰头。
不久，翠花和方德等人终于回来了，方德将世玉一阵臭骂后也没有办法，便和严善人进屋喝闷酒去了。方世玉乘机将外公交待找人、五枚师太、惠乾和锦盒的事情都告诉了苗翠花，这时候，天地会有人来通知，陈总舵主要见两人，于是苗翠花和方世玉一起去见陈总舵主。
母子俩人见到陈总舵主，将锦盒交给陈总舵主，同时也知道了陈总舵主和当今的皇帝乾隆是亲兄弟，陈总舵主告诉他们天地会出现内奸，要翠花将这锦盒送到南少林至善大师那里保管，苗翠花想磨练一下世玉，便要世玉将锦盒交给南少林至善大师，陈总舵主同意并要方世玉他们协助自己度过这个难关，母子俩点头答应便离开天地会。 在路上，方世玉遇到先前欧冶池比武的刁得胜等四个高手，他们不服方世玉，认为当时规矩太多了，要和世玉重新比划，苗翠花见有人想打儿子的主意，当然不依，母子俩齐心将他们打跑。随后方世玉母子俩在福州分手。
方世玉来到蒲田镇，找到瞎子张，经过玉佩的验证，方世玉获得了瞎子张的信任，瞎子张告诉方世玉八月十五那天到九莲山上的随缘亭，有人在等他，并且将一个东西交给方世玉要方世玉将东西转交给那个人，同时交待世玉，辨认那个人的方式就是使用这个玉佩，对方也带着一模一样的玉佩。
方世玉刚刚走出瞎子张家，就在门口遇到柳生残，柳生残要瞎子张交出藏宝图，瞎子张装不知道，柳生残欲对瞎子张痛下杀手，被方世玉阻挡，两人激烈搏斗，柳生残不敌，落荒而逃，瞎子张告诉方世玉他身上的东西就是藏宝图，但是却没有告诉方世玉到底是什么藏宝图，方世玉也只好作罢。
方世玉离开瞎子张的住所，想到了陈总舵主的锦盒还没有给至善大师，便到九莲山南少林寺找至善大师， 一路奔波，来到了南少林寺，见到了至善大师，并且将陈总舵主交代的锦盒交给了至善大师；时天色已暗，且因为第二天便是八月十五，方世玉便应方丈之邀在南少林过夜，准备第二天去九莲山上的随缘亭。 第二天，方世玉来到了九莲山上的随缘亭，竟然发现千百惠就是自己要等的人，震惊之余，千百惠告诉方世玉，这个藏宝图记载着数十万黄金的下落，方世玉吃惊不小，千百惠继续告诉世玉，自己原来是大明太祖的九世孙－－－明唐王朱聿建的后人，本来自己得到这批黄金是想用来造反，但是她发现当今的皇帝还算是一个好皇帝，只要战乱，受苦受难的还是老百姓，所以就渐渐的放弃了这个念头。临走的时候千百惠将宝藏图交给方世玉保管，世玉起初不肯答应，后来听了自己千百惠的解释以后也就答应下来了，原来这批宝藏对利欲熏心的日本人来说是很重要的，他们会不惜一切代价来夺取的。。。交代完千百惠便先离开了。方世玉见事情都已经办完，便离开了蒲田镇。
方世玉来到天地会，见到陈总舵主，告诉陈总舵主锦盒已经安置妥当以后，便回同乡会看熙官他们回来了没有。。
方世玉回到同乡会，没有看见翠花却遇见碧婷来找方世玉，碧婷告诉方世玉峨嵋派掌门人雷荡天已经到了杭州城，不久后武当白眉掌门人也会来；他们准备开始对付南少林了，而且特别扬言要对方世玉一家不利，同时也告诉方世玉惠乾被风雷堂抓走，还派了很多的高手在看守，但具体关在什么地方碧婷也不是很清楚的；方世玉决定去杭州救惠乾，碧婷也要求前往，两人踏上了杭州之路。
半路上，碧婷要方世玉到静心庵后山石洞等待，自己去找母亲李小环想办法，方世玉顺便将五枚师太的事情告诉碧婷，碧婷答应向李小环索讨解药。于是两人分手，碧婷回静心庵，方世玉则去土地庙找熙官。
方世玉来到土地庙，见到洪熙官，问及母亲苗翠花，洪熙官告诉世玉苗翠花有事先走了，方世玉将半路上的事情告诉熙官，于是大家决定到石洞等碧婷。
不久碧婷来到石洞，将解药三心丸交给咏春并告诉大家已经知道惠乾是被被关在静心庵里，同时还告诉世玉李小环要离开风雷堂，大家感到很高兴，这时候，雷老虎忽然进入，原来雷老虎已经有所察觉，并告诉碧婷已经派人准备去除掉李小环，碧婷大怒，一场恶战展开，方世玉他们打败了雷老虎，碧婷却放他一条生路；这时，世玉他们也才知道碧婷其实不是雷老虎的女儿，而是陈浩南和李小环的女儿，接着，碧婷救母心切便要世玉和他一起去，熙官和咏春乘机去静心庵救惠乾，然后大家在福州见面。
方世玉和碧婷风风火火的找到李小环藏身的地方，发现雷荡天已经和李小环和浩南在动手，两人立刻上前解围，打败了雷荡天，雷荡天逃之夭夭。陈浩南决定和李小环去隐居，并将碧婷托付给世玉，陈浩南同时告诉方世玉，天地会的叛徒就是于震海，并将于震海勾结风雷堂的亲笔信交给世玉，之后，李小环和浩南便离开了，碧婷虽然不舍但也无奈。方世玉拿到亲笔信，决定先回同乡会，于是两人向福州赶去。
两人回到同乡会，见洪熙官、严咏春和惠乾都已经平安回来，非常高兴；熙官见世玉回来也就放心了。于是，准备上南少林将解药交给五枚师太，同时惠乾也想去少林学武艺，众人分手后，方世玉和碧婷便去找陈总舵主要将于震海的亲笔信交给他。
方世玉和碧婷来到天地会，没有找到总舵主却遇见于震海，方世玉正要离开，总舵主回来了，方世玉将陈浩南隐居的事情告诉总舵主，并且将于震海的亲笔信交给总舵主，指认于震海是叛徒，没有想到总舵主不相信此事，而且还告诉世玉信是伪造的。方世玉无奈，只好离开，回到同乡会看娘回来了没有。
数天以后，洪熙官回来了，带来了五枚师太安然无恙的事情及其想去南少林学艺的事情。但是苦于大仇未报，遂请求方世玉一起去消灭杭州城知府高进忠已报大仇。方世玉当即答应，一行人向杭州出发。
众人在路上碰见了陈总舵主，陈总舵主告诉方世玉他要去苏州找乾隆及其于震海的亲笔信的确是真的，只是当时不想打草惊蛇而已。短暂的停留，方世玉一行人来到杭州。
来到杭州，熙官要先找一个叫做唐升的人，因为这个人是官府的人，熙官曾经救过他一命，只有他才知道高进忠下落。
在城里找到唐升，得知高进忠已经到苏州的丽春院去陪一个神秘人物，于是一行人前往苏州。
众人来到丽春院，发现戒备深严，无法进入；于是方世玉便想先去找赵猛帮忙。，众人来到镖局，见到赵猛，赵猛得知众人欲杀高进忠，便劝众人等待陈总舵主回来再从长计议，这时候陈总舵主回来了，陈总舵主告诉大家已经得知明天乾隆要和高进忠等人去小南山游玩，于是大家决定到小南山去埋伏。
第二天，乾隆和高进忠等人来到小南山，众人蜂拥而出，一阵搏斗，洪熙官终于报仇雪恨，可是总舵主和乾隆却不见了，大家料想可能在山洞里，于是，大家一起进入山洞。
山洞内总舵主和乾隆似乎已经谈妥，总舵主决定和乾隆一起进京，众人大惊，但是总舵主已经决定，众人无奈。于是众人决定先回福州。
回到同乡会，方妮告诉方世玉，方德和严老爷被请到天地会了，方世玉知道于震海搞得鬼，于是众人连忙赶到天地会。
到天地会，方世玉看见于震海和方德、严老爷等人，于震海要方世玉将锦盒拿出来，方世玉不肯，于震海便让满清高手出现，双方一场恶斗，于震海逃脱。众人决定去杭州打听苗翠花的下落，一行人立刻前往杭州。
在路上，众人遇到千百家惠被追杀，原来，柳生残为了独吞宝藏而背叛千百惠，并且还请了他的师傅智禅师从日本下来，这时候，柳生残及智禅师赶到，双方一阵恶战，打跑了柳生残一伙人，千百惠非常感激。千百惠告诉世玉自己要回日本去，至于宝藏，就当作礼物送给方世玉，方世玉推托之际，千百惠离开。
方世玉来到静心庵，打败守卫以后，进去一看，发现雷荡天正在逼问苗显，看见方世玉进来，立刻将黑白道长叫出来，双方大打出手，终于将雷荡天等人打败，救出苗显及翠花。众人回到同乡会。
同乡会里面，苗显问及宝藏的事情，方世玉便将宝藏的事情一五一十的告诉苗显，苗显决定将这笔宝藏用来重建少林，并且建议大家到南少林去学武，而方德、翠花、严善人等人回广州老家去，众人都同意，于是，方德等人先离开。苗显还要求方世玉去消灭少林的叛徒马宁儿，并告诉世玉马宁儿现在在福州，方世玉答应，同时将宝藏图交给苗显，大家约定清理门户以后就去南少林。苗显交待完毕以后，便离开，先行前往南少林。
苗显走后，大家正在因为不知从何找起的时候，方世玉决定先去找戚少岚打听打听，于是方世玉带领众人来到欧冶池。
在欧冶池，方世玉见到戚少岚，戚少岚告诉方世玉有个少林高手要和方世玉切磋切磋，方世玉将要找的人告诉戚少岚，竟然以外的发现，这个高手就是马宁儿，方世玉将事情挑明，戚少岚决定不予干涉，于是，方世玉等人开始清除马宁儿，马宁儿最终被消灭。方世玉告别戚少岚后，带领众人前往南少林。
众人来到路上一桥头，遇见当地菜刀会的打手要敲诈他们过桥费，一阵痛扁之后，大家顺利来到蒲田镇。在蒲田镇里，苗显、五枚师太及惠乾，已经在等着他们，由于少林寺不让女眷入寺，五枚师太便带咏春和碧婷到镇上暂时先住下。苗显告诉世玉他们白眉已经下了战书，三个月后将到南少林找世玉他们报仇，苗显要世玉他们去少林学般若掌、战神刀法和韦驮棍三种少林寺绝学，只有学会这三种武功才有可能和白眉抗衡。
众人来到南少林寺，方丈至善大师收他们为俗家弟子并告诉他们白眉和他们比武是假，实际是要毁掉南少林寺的；要大家专心学武，不得私自出寺。
一个多月过去了，世玉和熙官因为惦记着碧婷和咏春，便想偷偷出寺，可是却无法下山，惠乾告诉他们有一条密道可通山下并告诉给他们，世玉和熙官找到密道便来到蒲田镇找到了碧婷和咏春互诉衷肠之后，碧婷和咏春便送他们回寺，在路上遇到了上次收过桥费的菜刀会手下，双方又打了起来，世玉等人气不过决定铲除菜刀会，来到菜刀会，会长蔡志杰见势不妙急忙叫师叔出来，哈哈，想不到他的师叔竟是天地会的叛徒于震海，将两人收拾后，世玉和熙官回到少林寺继续学艺。
终于三个月快到了，方丈要验证他们的武功，让他们从铜人塔打出，经过努力，大家终于过关，并将三种绝招学成。不久，白眉前来挑战，以为可以在二十招内将世玉他们打败，没有想到世玉他们可以抵挡得住，便露出了真实的面目，使出了全部功力来，但世玉他们经过努力最后还是将白眉道人打败。
【故事终】
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